вот возник вопрос, разные ли это войска, и вообще, относится ли спецстрой к военно-строительным войскам?
извините, если не там спросил))

Да, это разные подразделения. То что называется стройбатом это подразделения Управления обустройства войск МО которое входит в состав Службы расквартирования и обустройства МО. Типовые подразделения это военно-строительные отряды и военно-строительные роты.Сайт Министерства обороны РФ
Спецстрой - это Федеральное агентство специального строительства. Оно в состав МО не входит, но в нем предусмотрена военная служба Спецстрой

а зачем в Спецстрое военная служба??